Goombook cumple con la normativa europea de protección de datos: GDPR. Por otro lado, registra las operaciones vinculando cada cuenta de usuario a un empleado del centro. El programa registra la cuenta y el ordenador desde el que se realizan las operaciones más sensibles. Además, mediante la federación de identidades en Azure Active Directory y la habilitación de Multi- Factor Authentication se obtiene un inicio de sesión seguro. Por otro lado, Goombook está integrado en Microsoft Azure. Se compila sobre la premisa de que para que el usuario pueda controlar sus propios datos del cliente en la nube necesita visualizarlos y saber dónde se almacenan. Asimismo, debe saber cómo se protegen, quién tiene acceso a los mismos y bajo qué circunstancias. Del mismo modo, se realizan copias de seguridad semanales.

En cuanto al mantenimiento y soporte, Goombook, al basarse en la tecnología de Microsoft, está siempre actualizado. Para las cuestiones de soporte, dispone de un equipo Helpdesk que resolverá las posibles dudas.